La fundación del seminario fue una iniciativa de Monseñor José Jorge Torres Stans, primer obispo de la Diócesis de Pamplona, quien se preocupó por la formación de los aspirantes al sacerdocio. En 1840, solicitó y obtuvo el edificio del Convento de San Francisco para establecer el seminario, que comenzó a funcionar de manera independiente en agosto de 1843.
A lo largo de su historia, el seminario ha enfrentado diversas vicisitudes, incluyendo cierres temporales y traslados a otras sedes. Sin embargo, ha perseverado y continúa su misión de formar sacerdotes.
Tiempo memorable de nuestra casa son los 45 años de formación liderados por los hermanos Eudistas quienes lograron estructurar y consolidar la formación sacerdotal en nuestro claustro. Corre la década de los 50´, la antigua edificación está muy deteriorada por los años y es cuando se estrena el actual edificio que existe actualmente y que sobresale en la actual ciudad de Pamplona.
A lo largo de su historia, el seminario ha enfrentado diversas vicisitudes, incluyendo cierres temporales y traslados a otras sedes. Sin embargo, ha perseverado y continúa su misión de formar sacerdotes.
A continuación, imágenes del antiguo Seminario Mayor: